|
Efekty kształcenia
i kompetencje:
|
|
Zapoznanie słuchaczy z praktyczną realizacją obliczeń wykorzystujących popularne metody modelowania cząsteczek chemicznych, oddziaływań międzycząsteczkowych, metody symulowania zbiorów cząsteczek oraz reakcji chemicznych w zakresie przedstawionym na wykładzie “Modelowanie molekularne”.
|
|
Opis przedmiotu:
|
|
Budowa trójwymiarowej struktury średniej wielkości cząsteczek chemicznych. Wizualizacja dużych cząsteczek (białka, polinukleotydy, błony komórkowe, agregaty cząsteczek). Elementarne wprowadzenie do użytkowania pakietów oprogramowania wspomagającego modelowanie molekularne (m.in. Gaussian, Gamess, Mopac, Tinker). Badanie oddziaływań cząsteczek wody w oparciu o model TIP3P przy użyciu oprogramowania typu “computer algebra”. Wprowadzenie do metod Monte Carlo i Dynamiki Molekularnej w oparciu o publicznie dostępne oprogramowanie w językach wyższego poziomu. Przewidywanie aktywności biologicznej, projektowanie doświadczeń i modele wydajności reakcji chemicznych z wykorzystaniem specjalistycznego oprogramowania do wspomagania obliczeń statystycznych (m.in. SAS).
|
