|
Prowadzący:
|
|
|
|
Zakład dydaktyczny:
|
|
Zakład Chemii Teoretycznej i Krystalografii
|
|
Efekty kształcenia
i kompetencje:
|
|
Umiejętność praktycznego posługiwania się podstawowymi technikami modelowania molekularnego i wspomagającymi je serwisami internetowymi oraz zaprojektowania i wykonania obliczeń dla typowych zadań modelowania molekularnego w ujęciu mechaniki klasycznej.
|
|
Opis przedmiotu:
|
|
Znaczenie modelowania molekularnego w naukach przyrodniczych. Podstawowe techniki modelowania molekularnego i ich połączenie z fizycznym doświadczeniem. Niektóre podstawowe pakiety oprogramowania i bazy danych. Dynamika molekularna, algorytmy, problemy stabilności algorytmów MD. Dynamika Browna. Problem skończonych rozmiarów układów modelowych. Zależne od modeli pól siłowych modyfikacje algorytmów MD. Metody Monte Carlo. Generatory liczb pseudolosowych. Metoda Metropolisa. Różne zespoły statystyczne. Metoda uogólnionych zespołów. Metoda replik. Zastosowanie różnych technik modelowania molekularnego do poszukiwania globalnego minimum energii potencjalnej. Badanie przejść fazowych i równowag dyfuzyjnych; wybór metody i warunków brzegowych; krytyczne spowolnienie. Modele mezoskopowe i zredukowane. Modelowanie makromolekuł i dużych układów biologicznych. Dokowanie ligandów. Membrany. Upraszczanie przestrzeni konformacyjnej. Potencjały: średniej siły i statystyczne. Modelowanie dla wielu skal czasowych. Dynamika Monte Carlo i jej łączenie z Dynamika Browna i klasyczną Dynamiką Molekularną.
|
|
Wymagane podstawy:
|
|
Znajomość podstawowych wiadomości o strukturze polimerów (przede wszystkim biopolimerów) i umiejętność programowania w jednym z podstawowych języków programowania obliczeń numerycznych (FORTRAN, C, C++).
|
|
Forma zaliczenia:
|
|
Zaliczenie na ocenę
|
|
Uwagi:
|
|
Zalecany dla studentów planujących specjalizację w Pracowni Biopolimerów.
|
