|
Efekty kształcenia
i kompetencje:
|
|
Umiejętność praktycznego posługiwania się podstawowymi technikami modelowania molekularnego i wspomagającymi je serwisami internetowymi oraz zaprojektowania i wykonania obliczeń dla typowych zadań modelowania molekularnego w ujęciu mechaniki klasycznej.
|
|
Opis przedmiotu:
|
|
Napisanie i uruchomienie programu symulującego ciecz Lennard-Jones. Analiza efektów skończonych rozmiarów modelowanego układu. Testy algorytmów różnych rzędów. Modyfikacja modelu MD przez wprowadzenie łaźni cieplnej – Dynamika Brownowska. Porównanie z Dynamiką Molekularną, Testy statystyczne generatorów liczb losowych. Porównanie na podstawie prostego modelu gazu sieciowego lub makromolekuły łańcuchowej wydajności różnych schematów próbkowania Monte Carlo. Symulacja przejść fazowych (model Isinga i model zapadania się kłębka losowego polimeru) i ich analiza. Obliczanie funkcji termodynamicznych. Symulacje molekularne biomolekuł z użyciem profesjonalnych pakietów modelowania molekularnego (Sybyl, Insight). Wizualizacja i analiza wyników. Zapoznanie się z mezoskopowymi modelami biomolekuł. Wykonanie obliczeń polegających na odtworzeniu struktury przestrzennej białka na podstawie fragmentarycznych danych doświadczalnych (typu NMR). Wykonanie zadania zaliczeniowego, zawierającego elementy wyżej wymienionych technik.
|
